- Centro de Ecoalfabetización y Diálogo de Saberes
- Centro de Estudios de Opinión y Análisis
- Centro de Estudios sobre Derecho, Globalización y Seguridad
- Centro de Estudios de Género
- Centro de Estudios de la Cultura y la Comunicación
- Centro de Estudios e Investigación en Conocimiento y Aprendizaje Humano
- Centro de Estudios Interdisciplinarios en Agrobiodiversidad
- Centro de Estudios, Creación y Documentación de las Artes
- Centro de Investigación e Innovación en la Educación Superior
- Centro de Investigación en Micología Aplicada
- Centro de Investigación en Recursos Energéticos y Sustentables
- Centro de Investigación y Desarrollo en Alimentos
- Centro de Investigaciones Biomédicas
- Centro de Investigaciones en Documentación
- Centro de Investigaciones en Micro y Nanotecnología
- Centro de Investigaciones Forestales
- Centro de Investigaciones Tropicales
- Centro de Ciencias de la Tierra
- Centro de Estudios de Opinión y Análisis
- Instituto de Ciencias Marinas y Pesquerías
- Instituto de Investigaciones y Estudios Superiores, Económicos y Sociales
- Instituto de Investigaciones y Estudios Superiores de las Ciencias Administrativas
- Instituto de Antropología
- Instituto de Artes Plásticas
- Instituto de Biotecnología y Ecología Aplicada
- Instituto de Ciencias Básicas
- Instituto de Ciencias de la Salud
- Instituto de Filosofía
- Instituto de Ingeniería
- Instituto de Investigaciones Biológicas
- Instituto de Investigaciones Cerebrales
- Instituto de Investigaciones en Contaduría
- Instituto de Investigaciones en Educación
- Instituto de Investigaciones Histórico-Sociales
- Instituto de Investigaciones Jurídicas
- Instituto de Investigaciones Lingüístico-Literarias
- Instituto de Investigaciones Médico-Biológicas
- Instituto de Investigaciones Psicológicas
- Instituto de Medicina Forense
- Instituto de Neuroetología
- Instituto de Psicología y Educación
- Instituto de Química Aplicada
- Instituto de Salud Pública
- Instituto de Investigaciones en Inteligencia Artificial