El sitio fue registrado por primera ocasión en la segunda década del siglo XX; en el año 1917 Carlos Betancourt, Inspector de la Dirección de Estudios Arqueológicos y Etnográficos del Museo Nacional de México, reporto la presencia de vestigios arqueológicos cerca del Ingenio de San Francisco y Toxpan, entre los cuales destacaba un montículo de forma piramidal de 15 metros de altura; además recuperó una escultura de piedra de 80 cm de altura, que representa a una mujer; esta pieza fue enviada al Museo Nacional.
Los terrenos donde se localiza la zona arqueológica de Toxpan formaron parte de las tierras de cultivo de la Ex hacienda Santa Margarita, fundada en la primera mitad del siglo XIX. Hacia el año 1976 las instalaciones de la hacienda quedaron en desuso y sus terrenos se transformaron en potrero; veinte años después sus propietarios intentaron desarrollar un fraccionamiento para vivienda en lugar; al no prosperar el proyecto el casco de la hacienda quedó abandonado y el terreno, con extensión de 97 Ha, fue invadido por la maleza.
