Actualmente, en la Facultad de Historia se desarrollan dos grupos de investigación o Cuerpos Académicos:
Estudios Contemporáneos de la Región Sur Sureste
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- Dr. César A. Ordóñez López, Coordinado.
- Dr. Jorge Rodríguez Molina.
- Dra. Julieta Arcos Chigo.
- Mtra. Rosario Juan Mendoza.
Estudios Transdisciplinaros de Arte, Cultura y Política
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- Dra. Guadalupe Sánchez Álvarez, Coordinadora.
- Dr. Jorge Alberto Rivero Mora
- Dr. Raúl Romero Ramírez
- Llf. Sofía Irene Olmos Galván