Para lograr sus objetivos, un Instituto de Investigaciones Biológicas requiere tanto de laboratorios como de colecciones científicas de referencia. Estos se han desarrollado gracias al esfuerzo de los investigadores, mediante la búsqueda de recursos externos y por supuesto con el apoyo de la propia Universidad Veracruzana. En la dinámica del instituto, la salida de grupos de investigación ha significado la pérdida de laboratorios, o al menos la pérdida de parte de los equipos requeridos en técnicas específicas. Por ello, desde 2012 la Dirección del instituto, con el apoyo de la Dirección General de Investigaciones, la Dirección General del Área Biológico-Agropecuaria, la Secretaría Académica y Secretaría de finanzas desarrolló un programa de mantenimiento y modernización de los laboratorios y colecciones científicas.
A la fecha el Instituto de Investigaciones Biológicas cuenta con 8 laboratorios:
- Laboratorio de Anatomía Vegetal (LAV)
- Laboratorio del Área de Biología y Salud Integral
- Laboratorio de Biología Integrativa
- Laboratorio de Biología molecular
- Laboratorio de Biomarcadores moleculares
- Laboratorio de Biomedicina
- Laboratorio de Mamíferos Marinos (LabMMar)
- Laboratorio de Zoología
También alberga las Colecciones Biológicas:
- Herbario del Instituto de Investigaciones Biológicas
- Colección Mastozoológica del Instituto de Investigaciones Biológicas
- Colección Herpetológica
