Esta sección la he elaborado con la finalidad de dar a conocer los software que manejamos en el Laboratorio de Bioinformática y Bioestadística del cual soy responsable.
A nivel del estudio de la diversidad genética, utilizamos diversos programas de cómputo basados en un enfoque frecuencista, entre los de mayor uso destacan:
MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis): https://www.megasoftware.net/
DnaSP (DNA sequence polymorphism): http://www.ub.edu/dnasp/
PopArt (Population Analysis with Reticulate Trees): http://popart.otago.ac.nz/index.shtml
Structure Software Genetics Inference: https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure.html
También se manejan otros software para complementar los análisis correspondientes a genética de poblaciones y filogenias.
A nivel individuo, me interesa describir los patrones de forma y tamaño de las características morfométricas de las poblaciones, usualmente manejo dos rutas de análisis morfométricos: morfometría lineal y morfometría geométrica. Para ambos análisis, nos apoyamos de software cómo:
MorphoJ: https://morphometrics.uk/MorphoJ_page.html para morfometría geométrica y para digitalización la seríe de software’s de TPS.
La morfometría lineal la llevamos a cabo en software cómo:
Statistica
Infostat
SPSS
A nivel de estudio de los individuos y su relación con parámetros ambientales, los software de modelación del nicho ecológico, son los principales que usamos en el Laboratorio para describir estas relaciones, entre ellos destacan:
SupraKLM (Superficie de Respuesta): https://sites.google.com/site/efialto/supra
MaxEnt (Máxima Entropía): https://biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent/
A nivel de estudio de las comunidades, destacan los software de Anne Chao (a quien sigo continuamente para estar actualizado con los avances en esta disciplina), con los que obtenemos los indicadores de diversidad de especies en una comunidad biológica, bajo el enfoque del número efectivo de especies:
SPADE (Species Prediction And Diversity Estimation): http://chao.stat.nthu.edu.tw/wordpress/software_download/softwarespader_online/
iNEXT (iNterpolation and Extrapolation): http://chao.stat.nthu.edu.tw/wordpress/software_download/inext-online/
En ocasiones utilizamos otros software’s que usan otros métodos que se ajustan a los datos del muestreo o a la distribución estadística de los datos obtenidos en el muestreo.
Continuará…. 🙂