Egresado de Historia por la Universidad Veracruzana, José Manuel Velasco Toro continuó estudios de Maestría en Historia en la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla y de Doctorado en Historia Contemporánea en la Universidad del País Vasco y Doctorado en Educación en la Universidad La Salle de Costa Rica. Su actividad académica la desempeña como investigador en el Instituto de Investigaciones Histórico-Sociales de la Universidad Veracruzana y es profesor de posgrado en la Universidad Pedagógica Veracruzana. Su visión holística al lado de su preocupación por el cambio climático ha orientado sus investigaciones hacia el paradigma de la complejidad, la neuropedagogía y más recientemente, la historia del presente. Desde 1987, es miembro del Sistema Nacional de Investigadores Nivel II. Actualmente es Profesor con Perfil Deseable PRODEP y miembro del Cuerpo Académico Historia y Cultura.
Trabajó en el Instituto Nacional Indigenista (INI), institución en la que fue Jefe de Sección de Antropología en el Centro Coordinador Indigenista (CCI) Yaqui, director del CCI Mayo de Sonora, jefe del Departamento de Investigación Antropológica y Organización Social y Coordinador Estatal del INI en Veracruz. También desarrolló actividades profesionales en la Dirección de Culturas Populares de la Secretaría de Educación Pública. En la Universidad Veracruzana fue director del Instituto de Investigaciones Histórico-Sociales, director General de Investigaciones y director General de Posgrado. Fue director del Consejo Veracruzano de Investigación Científica y Desarrollo Tecnológico (COVEICyDET).
Ha sido profesor invitado en la Universidad del País Vasco, la Universidad de Salamanca, la Universidad de La Salle en Costa Rica, así como lector y jurado de tesis doctoral en la Universidad de Granada, la Universidad del País Vasco, la Universidad a Distancia de Madrid, el Colegio de Posgraduados de Chapingo, la Universidad Autónoma Metropolitana-Iztapalapa, el Colegio de Michoacán y el Colegio de San Luis. Ha participado como evaluador de proyectos de investigación en el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) y La Universidad de Aguascalientes, a la vez de ser par en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad de CONACYT. Como profesor de licenciatura y posgrado, ha dirigido tesis de licenciatura, maestría y doctorado. De igual forma, ha participado como árbitro de artículos en revistas nacionales y extranjeras, jurado del Premio para Tesis Doctoral en Antropología Social en la Cátedra de Excelencia Gonzalo Aguirre Beltrán (UV-CIESAS) y lector de libros propuestos para su publicación.
A lo largo de su actividad académica ha realizado trabajo de investigación en historia rural (siglos XIX y XX), historia y mentalidad religiosa e historia de la educación (XIX y XX). Actualmente trabaja educación y sociedad del conocimiento e historia del presente.
Tiene publicado diversos artículos en revistas nacionales y extranjeras, capítulos de libros y libros individuales. De entre sus obras están: De la historia al mito: mentalidad y culto en el Santuario de Otatitlán (2000); Ciencias de la complejidad humana y la historia de los pueblos indígenas en Chiapas (2010); Horizonte educativo. Hacia una Pedagogía de la Autoorganización (2016).
Por su labor de gestión recibió el reconocimiento del Programa Internacional para la Conservación y Domesticación de Recursos Genéticos Forestales, CAMCORE, por el “Apoyo al Programa de Mejoramiento Genético Forestal Mexicano” (2005). El Premio al Decano otorgado por la Universidad Veracruzana (2007), el reconocimiento del Instituto Veracruzano de la Cultura, Ayuntamiento de Cosamaloapan y Sotaventina, A.C., por la “Valiosa aportación al conocimiento de los procesos históricos y culturales del Papaloapan” (2008) y el Doctorado Honoris Causa por el Centro de Investigación Atmosférica y Ecológica (2019) por su contribución al desarrollo de la educación relacional.
