El modelo de organización departamental tiene su centro en las áreas de conocimiento y no en la profesión, la Institución se divide en Unidades Académicas denominadas Departamentos.
Un Departamento es concebido como la unidad básica de organización que reúne a profesores e investigadores, responsables de la docencia, la investigación y la vinculación en un campo especializado del conocimiento
| Área | Académico |
| Mixtas | C.D. María Teresa Meraz Romero |
| Protésico Restaurativas | C.D. Reyna María Bautista González |
| Morfológicas | C.D. Juan Alejandro Izquierdo Hermosillo |
| Quirúrgicas | C.D. Dante González Juárez |
| Médico-Odontológicas | C.D. Norma Angelica González Velázquez |
| Sociales | Dra. Edith Lilia Galindo Reyes |
