El modelo de organización departamental tiene su centro en las áreas de conocimiento y no en la profesión, la Institución se divide en Unidades Académicas denominadas Departamentos.

Un Departamento es concebido como la unidad básica de organización que reúne a profesores e investigadores, responsables de la docencia, la investigación y la vinculación en un campo especializado del conocimiento

Área	Académico
Mixtas	C.D. María Teresa Meraz Romero
Protésico Restaurativas	C.D. Reyna María Bautista González
Morfológicas	C.D. Juan Alejandro Izquierdo Hermosillo
Quirúrgicas	C.D. Dante González Juárez
Médico-Odontológicas	C.D. Norma Angelica González Velázquez
Sociales	Dra. Edith Lilia Galindo Reyes