CITRO mantiene alianzas estratégicas con las siguientes instituciones, organismos y dependencias:
- Consorcio Mexicano de Programas Ambientales Universitarios para el Desarrollo Sustentable (COMPLEXUS). La pertenencia a este consorcio implica la alianza con las siguientes instituciones:
- Programa Ambiental Universitario. Universidad de Baja California.
- Agenda Universitaria Ambiental “AUA-UAdeC”. Universidad Autónoma de Coahuila
- Programa de Protección al Medio Ambiente (PPMA). Universidad Autónoma del Estado de México
- Agenda Ambiental. Universidad Autónoma de San Luis Potosí
- Centro Universitario de Gestión Ambiental. Universidad de Colima
- Acuerdo Universitario para el Desarrollo Sostenible del Estado de Jalisco. Universidad de Guadalajara
- Programa Institucional de Medio Ambiente. (PIMAUG) Universidad de Guanajuato.
- Programa de Medio Ambiente Universidad Iberoamericana – Ciudad de México
- Programa Interdisciplinario en Desarrollo Sustentable y Medio Ambiente. (PIDSMA) Universidad Iberoamericana – Puebla
- Programa de Ecología y Medio Ambiente de la Universidad La Salle (ECOULSA).
- Sistema de Gestión Ambiental (SMA) y Educación para la Sustentabilidad (EPS). Universidad Tecnológica de León.
- Programa de Gestión Ambiental Universitario (PROGAU). Universidad Autónoma del Estado de Morelos.
- Cooperación con los herbarios nacionales MEXU y XAL, así como los internacionales BRIT, MO y UC en el marco del proyecto“Atlas de la Flora Notable, Endémica y en Peligro de Extinción de Veracruz” y del programa “Flora de Veracruz”.
- La Secretaría de Educación de Veracruz
- La Red Iberoamericana para el Desarrollo Sustentable A.C. (Veracruz)
- Tactical Technology Collective. (Reino Unido)
- Baylor University
- Florida International University
- Escuela de Biología e Instituto de Investigaciones de los Recursos Naturales (INIRENA)de la Universidad Michoacana de San Nicolás Hidalgo
- Instituto de Investigaciones de los Recursos Naturales de la Universidad Michoacana
- Escuela de Ciencias Experimentales. Universidad del Zulia
- Universidad de Cambridge
- Universidad de Stanford
- Universidad Autónoma de México
- Universidad de Ciencias y Artes de Chiapas
- Universidad de Georgia
- Red de orquídeas, en coordinación con Universidad Autónoma Metropolitana (UAM), UAEM, Universidad Michoacanade San Nicolás de Hidalgo.Red de vainilla, BUAP, Colegio de Posgradados INIFAP Chiapas, Instituto tecnológico de Tuxtepec,Ciencias Químicas Orizaba Universidad Veracruzana.
- Coordinación General del Medio Ambiente “Acuerdo de colaboración para la elaboración del Diseño del Sistemade Espacios Naturales Protegidos del Edo. de Veracruz.
- Universidad Nacional Autónoma Metropolitana- Iztapalapa
- People and Plants International
- Universidad de Gainesville, Florida, Estados Unidos
- Universidad Iberoamericana, Puebla
- Programa de Intercambio de Productos Forestales no Maderables para el sur y sureste de Asia NTFP-E
- Center for International Forestry Research CIFO
- Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad CONABIO
- Fondo Nacional para el Fomento de las Artesanías FONART
- Instituto de Artes e Industrias Populares en Puebla IAIP
- Consejo Veracruzano de Arte Popular COVAP
- Universidad del Desarrollo del Estado de Puebla. Campus Pahuatlán
- Institute for Culture and Ecology IFCAE, Oregon, Estados Unidos
- Secretaria del Medio Ambiente, Recursos Naturales y Pesca
- Consejo Estatal de Ecología del Estado de Hidalgo
- Higher Education for Development
- United States Agency for International Development
- Global Diversity Foundation
- Kent University
- Universidad Autónoma de Campech
- Instituto de Biología de la UNAM
- Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE), Costa Rica
