El Programa de Maestría en Manejo Integral de Ecosistemas Marinos y Costeros pretende formar profesionales altamente capacitados en:

1. El desarrollo de metodologías de investigación aplicada que permitan el manejo y conservación de los ecosistemas marinos y costeros.
2. La aplicación de metodologías de investigación aplicada que les permita a los egresados: identificar, analizar, proponer, desarrollar e implementar soluciones tendientes a resolver la problemática que presentan los ecosistemas marinos y costeros, e inducir y conducir los procesos sustentables para su desarrollo.

En este contexto el posgrado pretende responder a tres grandes metas:

1. Transitar hacia una nueva concepción y organización del quehacer científico, humanístico y cultural con que debe tratarse la problemática ambiental en México, mediante el trabajo Interdisciplinario.
2. Conformar una estructura curricular flexible y dinámica que permita la movilidad y dinámica propia de los estudiantes durante su formación académica.
3. Adecuar su quehacer profesional a los nuevos tiempos, ya que debe preparar personas capaces de convertirse en los líderes conductores de los procesos del desarrollo sustentable.