Las líneas de investigación del posgrado son:
1.- Ecología acuática: Pretende conocer e inventariar la biota acuática como fundamento para establecer su uso, manejo y conservación racional, determinar su estado de salud, fomentando el equilibrio ecológico de los ambientes acuáticos, con énfasis en el reconocimiento de especies endémicas e introducidas.
2.- Pesquerías: Pretende conocer e inventariar las especies comerciales, atendiendo a la normatividad vigente, promoviendo la creación o adecuación de reglamentos y normas oficiales, para evitar el colapso de las mismas.
3.- Manejo y conservación: Desarrollar el conocimiento integral de la zona costera para su análisis y síntesis, mediante la realización de estudios multidisciplinarios que coadyuven a obtener conocimiento para su mejor entendimiento y creación de estrategias de administración.
