El programa de posgrado se basa principalmente en las Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento que se desarrollan en el INBIOTECA y forman parte de 2 Cuerpos Académicos (CA):

Cuerpo Académico Consolidado: Ecología y Manejo de la Biodiversidad Forestal. CA-UVER-173. Enfocado en la investigación de diferentes tópicos relacionados con distintos procesos ecológicos y el manejo responsable de la biodiversidad, dentro de 6 líneas de investigación:.

• Ecología del paisaje e interacciones ecológicas.
• Ecología vegetal y servicios ecosistémicos
• Ecología y comportamiento de artrópodos
• Fertilidad y manejo biológico del suelo
• Biotecnología y modificación genética de especies de interés forestal.
• Conservación, manejo y mejora genética vegetal.
• Ecología de ambientes fragmentados.
• Ecología vegetal y restauración.
• Identificación de genes de interés agrícola, forestal y ecológico.
• Servicios ambientales de los sistemas forestales y agroforestales.

Cuerpo Académico en consolidación: Biotecnología Aplicada a la Ecología y Sanidad Vegetal. CA-UVER-234. Su investigación incluye tópicos relacionados con el diagnostico y saneamiento de especies vegetales y el conocimiento y uso de la biodiversidad con la aplicación de herramientas de biología molecular y biotecnología. Este CA involucra 2 líneas de investigación.

• Biología molecular y fitopatología
• Detección y usos de marcadores bioquímicos y moleculares.
• Epigenética y regulación de la expresión genética en plantas.

Lineas de investigación sustentadas por profesores del nucleo basico del posgrado con adscripcion al Cuerpo Académico que no estan radicados en el INBIOTECA.

• Química y Biotecnología de Hongos