Está constituida por las siguientes áreas:
Investigación
Coordinación General y Secretaría Académica: Espacio en donde se encuentra ubicada la oficina del Coordinador General de este centro de investigaciones, así como el cubículo de la Secretaría Académica, y la oficina de su secretaria.
Se cuenta con 18 cubículos para que los investigadores desarrollen su trabajo de gabinete.
La Sala de Usos Múltiples es el lugar en donde se realizan reunionesde trabajo, conferencias y presentaciones, clases y cátedras, y demás actividades que precisen de un amplio espacio y la utilización de proyección de recursos audiovisuales. Puede albergar hasta 50 personas.
La biblioteca tiene un inventario de aproximadamente 6,000 ejemplares, y cuenta con la infraestructura necesaria para resguardar el material bibliográfico, además está vinculada con el sistema de bibliotecas institucionaes de la Unidad de Servicios Bibliotecarios y de Información (USBI-X) de la Universidad Veracruzana, lo que permite el acceso a documentos que no están disponibles físicamente en esta biblioteca.
Laboratorio de Botánica (Herbario): Espacio dedicado a almacenar la colecta de plantas de interés para la investigación, con control de temperatura y siguiendo estándares para preservar el acervo florístico, que sirve de soporte para diversos proyectos. A medida que avanzan los estudios, la colección de este herbario crece simultáneamente.
Laboratorio de Geomática: Este espacio está dedicado al procesamiento de la información geográfica. Con las herramientas tecnológicas adecuadas, y un equipo de especialistas, en este laboratorio se generan materiales con referencia espacial en territorios donde Citro desarrolla sus diversos proyectos.
La recientemente fundada Unidad de Comunicación y Educación para la Sustentabilidad es un espacio responsable de la difusión y divulgación de los conocimientos generados en cada proyecto de investigación. Aquí se generan productos didácticos de índole editorial, audiovisual y multimedia, así como la construcción de diversos contenidos y lineamientos para fomentar la sustentabilidad tanto al interior de la comunidad Citro, como en la sociedad en general.
Posgrado
El Posgrado en Ecología Tropical (maestría y doctorado) cuenta con instalaciones adecuadas para los estudiantes, con tres oficinas para la coordinación, tres aulas, salas de estudio y laboratorios de computación para estudiantes.
